Tác nhân gây bệnh thối trái chôm chôm do nhiều loại nấm, trong đó chủ yếu do nấm Phytophthora sp gây ra. Bệnh đặc biệt cần sự quan tâm của bà con trong lúc thời điểm chuẩn bị thu hoạch trái, nhất là trong điều kiện mưa nhiều như hiện nay, nhằm có biện pháp ngăn ngừa hiệu quả, tránh ảnh hưởng đến năng suất của trái chôm chôm